Badanie AMH pozwala m.in. ocenić płodność kobiety – dostarcza informacji nt. rezerwy jajnikowej. Poczynając od 30 rż. obserwujemy spadek puli komórek jajowych, a tym samym zdolność do posiadania potomstwa. Badanie oznaczenia poziomu hormonu anty-Müllerowskiego stosuje się też przed procedurami in-vitro.

Ponadto u dziewcząt i u kobiet oznaczenie poziomu AMH może mieć zastosowanie:

• w diagnostyce i leczeniu zespołu policystycznych jajników (PCOS),
• w diagnostyce  wtórnej niewydolności hormonalnej jajników
• w diagnostyce zespołu przedwczesnego wygasania czynności jajników (POF)
• jako marker toksycznego uszkodzenia jajników po chemioterapii

U chłopców i  mężczyzn badanie AMH może być użyte:

• w ocenie zaburzeń wydzielania androgenów,
• w diagnostyce wtórnej niewydolności hormonalnej jąder
• jako marker toksycznego uszkodzenia jąder po chemioterapii